Koos tuareegide ülestõusuga läksid liikvele ka islamistid, kelle kontrolli alla langesid järjest mitmed Põhja-Mali asulad. 2015. aasta suveks õnnestus Mali valitsusel sõlmida rahulepe osa riigi põhjaosas tekkinud rühmitustega, osa aga võitlevad siiani. Valitsusvastane mäss on levinud riigi keskosani. Lisaks tegutsevad samad rühmitused naaberriikides ja rünnakuid on toime pandud nii Mali, Burkina Faso kui Nigeri muidu võitlusest puutumata pealinnades.